El Convento fue fundado en 1540 por frailes agustinos, en él, trabajaron indígenas para su construcción apoyados siempre por el sustento económico del encomendero Cristóbal Rodríguez de Ávalos. La planta baja del edificio conventual y la iglesia fueron construidos al mismo tiempo, concluyéndolos en 1560, en cuanto al claustro alto se piensa que fue añadido alrededor de 1580, lo que sí se sabe a ciencia cierta es que para 1568 se esperaba ya la instalación de los recuadros y se comenta que para este sitio trabajó el pintor de origen flamenco Simón Pereyns.